一些老旧船舶因卫生状况太差,鼠虫害严重,卫生检疫机构就可能下令对船舶进行熏蒸或除鼠除虫作业。一旦需要对船舶进行熏蒸,往往会发生较高数额的费用,包括专业熏蒸队的人工费和药费,船员离船上岸的住宿和伙食费,船员离船、换班和返船的交通(拖轮)费用,安全值班用的监护拖轮费用等等。因此必须尽快与委托方或船东联系落实使费备用金。为保护委托方利益,对可熏可不熏的,应尽量争取采取除鼠除虫作业来代替熏蒸。船舶在锚地熏蒸时,为确保港口和船舶安全,港监一般会要求留一定数量的船员在船值班监护,要配合熏蒸队向留守值班的船员进行安全措施的培训和说明,防止出现人员中毒事故。熏蒸结束后要进行必要时间的散毒,外勤陪同船员返船时必须注意个人防护,防止出现安全问题。熏蒸结束后应及时将熏蒸证书交给船方并寄送给委托方。
船舶载运进出口粮食、木材等货物时,有时需要在船舶靠泊前或离港前,在船对货物进行熏蒸。这类熏蒸一般由货主安排并支付相关费用。这种情况下,往往需要得到船方的同意和配合,外勤应积极配合货主做好船方工作,包括思想工作和各种解释说明工作,必要时还需要由货主给船员一定的经济补偿。